Klimaet og vegetasjonen i Panama er tropisk. Temperaturen er forholdsvis høy og stabil hele året. Det er på enkelte årstider store nedbørsmengder og relativt høy luftfuktighet.
Grunnet Panamas geografiske plassering og store nedbørsmengder i regntiden er det ikke umulig at naturkatastrofer som oversvømmelse og/eller jordskred kan finne sted.